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医療法人の解散・清算はいつ考えるべき?後継者不在・相続も踏まえて解説

記事作成日2026/08/06

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「後継者が見つからない。」
「年齢や健康面に不安が出てきた。」
「親族に相続が発生したとき、医院や医療法人をどう整理するのかが気になっている。」

こうした状況にある医療法人の理事長先生にとって、医療法人の「解散・清算」は、単なる廃業手続きではなく、相続が起きる前に検討すべき、重要な経営課題です。

特に医療法人は、一般の株式会社と違い、行政手続や残余財産の扱いに独特のルールがあります。さらに、持分あり医療法人か持分なし医療法人かによって、解散時に問題になるポイントも大きく異なります。

本稿では、医療法人の解散・清算をいつ考えるべきか、また持分あり医療法人・持分なし医療法人で何が違うのかを、理事長の視点でわかりやすく整理します。

こんな理事長は早めの検討がおすすめです

次の項目に当てはまる場合は、早めの整理・検討をおすすめします。
☑ 後継者がまだ決まっていない
☑ 理事長の高齢化や健康不安がある
☑ 持分あり医療法人で、相続時の扱いが気になる
☑ 解散だけでなく、承継や譲渡も含めて比較したい
☑ 閉院を考えているが、何から始めるべきかわからない

医療法人の解散・清算は「限界が来てから」では遅い

医療法人の解散・清算は、廃院を決めればすぐ終わる手続きではありません。診療をやめることと、法人格が法的に消滅することは別だからです。

実際には、解散の決定後も、行政上の手続き、資産・負債の整理、借入金や未払金の支払い、契約終了、税務申告、残余財産の処理などを順に進める必要があります。

また、解散の手続きは、都道府県ごとの運用や審査時期の影響を受けることがあり、「今年中に閉じたい」と思っても、その通りに進まないケースがあります。

解散・清算手続きフロー

解散の決定
都道府県への認可申請または届出
解散登記・清算人の選任
財産の換価、債務の弁済
残余財産の確定
清算結了

参考までに東京都の解散に関する手続きをご紹介します。

解散事由によって手続きが違う

「目的たる業務の成功の不能」「社員総会の決議」による解散は、東京都知事の認可が必要
「定款で定めた解散事由の発生」「社員の欠亡」は、届出のみで進められる場合がある

認可申請はいつでも出せるわけではない

・東京都の令和8年度日程では、解散認可申請の受付は年2回
・第1回:2026年8月31日~10月23日(郵送必着)
・第2回:2027年3月11日~5月7日(郵送必着)

申請してすぐ認可されるわけではない

・第1回申請分の医療審議会開催予定:2027年2月初旬
・第2回申請分の医療審議会開催予定:2027年8月初旬

東京都の令和8年度のスケジュールのため、最新のスケジュールについては各都道府県へ確認が必要です

各都道府県ごとに運用の差異はありますが、次にあげる点は共通して留意すべきことです。

「閉院を決めた年のうちに全部終える」とは限らない
・申請期限を逃すと、次の受付時期まで待つ可能性がある
・医療法人の解散・清算は、数週間ではなく、年単位も視野に入る手続き

だからこそ、後継者不在や理事長の高齢化が見えてきた段階で、早めに準備を始めることが重要です。

まず確認したいのは「持分あり」か「持分なし」か

医療法人の解散・清算を考えるとき、最初に確認したいのが、その法人が持分あり医療法人か持分なし医療法人かという点です。先に結論をいうと、持分あり医療法人は「相続や持分評価、払戻し」が問題になりやすく、持分なし医療法人は「残余財産を個人や親族へ自由に分配できない」点が重要です。

持分あり医療法人の特徴

出資者に財産的権利があり、退社時の払戻しや、解散時の残余財産分配が論点になります。理事長や親族が出資持分を持っている場合、その持分は相続の場面でも問題になります。

・出資持分の相続税評価
・相続人間の分配・調整
・払戻請求への備え
・将来の承継方法の設計

特に内部留保が厚い医療法人では、持分評価が想定以上に高くなり、相続負担や親族間調整が重くなることがあります。そのため、持分あり医療法人では、解散するかどうかだけでなく、生前に持分をどう整理するかも重要です。

持分なし医療法人の特徴

持分そのものがないため、持分に関する相続問題は生じにくくなります。ただし、解散時に残った財産を理事長個人や親族へ自由に分配できるわけではありません。残余財産の帰属先には制限があり、一般には定款で定めた帰属先に帰属します。

そのため、持分なし医療法人では、「解散時に残余財産をどう残さないか」が大きな実務テーマになります。

・役員退職金の設計
・解散前の資産・負債の整理
・不要資産の処分
・契約関係の整理

持分のありなしによる医療法人の違い
項目持分あり医療法人持分なし医療法人
基本的な特徴出資者に持分があり、財産的権利を持つ出資持分がなく、個人の財産権は認められない
相続との関係出資持分が相続の対象となりやすい持分に関する相続問題は生じにくい
退社時の扱い払戻請求が生じる可能性がある原則として持分の払戻しはない
解散時の残余財産持分に応じた分配が問題となる個人や親族へ自由に分配できず、定款所定の帰属先に帰属
主な論点相続税評価、相続人間の調整、払戻請求、承継設計残余財産をどう残さないか、役員退職金設計、資産・負債整理
注意点内部留保が厚いと持分評価が高くなりやすい残余財産の帰属制限があるため、事前整理が重要

相続が起きる前に、解散・清算を検討すべき理由

医療法人の解散・清算は、単なる「たたみ方」の問題ではありません。理事長個人の相続や健康問題が起きる前に、法人の出口をどう設計するかという重要な経営課題です。

1)相続発生後は、意思決定が一気に難しくなる

理事長に判断や対外調整が集中している医療法人は少なくありません。その状態で相続が発生すると、次のような問題が同時に動き出します。

・診療を継続するのか
・後継者はいるのか
・解散するなら誰が決めるのか
・不動産、設備、借入、個人保証をどう整理するのか
・職員や患者への説明を誰が担うのか

つまり、経営判断と相続対応が同時進行になります。その結果、冷静な意思決定が難しくなり、対応が後手に回りやすくなります。

2)後継者不在は、放置できない経営リスク

後継者がいないこと自体よりも問題なのは、後継者不在のまま何も決めずに時間が過ぎることです。重要なのは、理事長が元気なうちに、承継するのか、譲渡するのか、規模縮小するのか、解散するのかを比較・検討しておくことです。

3)医療法人の解散・清算は、整理事項が多い

医療法人の解散・清算は、法務・税務・会計・労務・行政手続をまたぐ総合対応です。実務上は、たとえば次のような論点があります。

・診療所・病院の廃止に関する行政手続
・保険医療機関の指定や各種届出の整理
・職員の退職、退職金、未払賃金の処理
・患者への周知、診療録等の保存・管理
・医療機器、薬品、在庫の処分
・不動産や賃貸借契約の終了
・借入金、リース、保証債務の整理
・残余財産の帰属確認

普通法人以上に整理事項が多いため、早めの準備が欠かせません。

4)相続発生後は、法人の問題と個人の問題が混線しやすい

理事長の相続が発生すると、法人の問題と個人の問題が絡みやすくなります。たとえば次のようなケースです。

・医院不動産が理事長個人名義
・法人が理事長個人から建物を賃借している
・親族が法人運営に関与しているが権限関係が曖昧
・借入に理事長の個人保証が付いている
・関連会社や親族への貸付金・未収金が残っている

このような状態で相続が起きると、本来は経営として整理すべき事項が、相続人間の調整問題に変わってしまうことがあります。だからこそ、相続前に、法人として整理すべきことと、個人・親族として整理すべきことを切り分けておく必要があります。

まとめ

医療法人の解散・清算は、思い立ってすぐ終えられる手続きではありません。行政手続、資産整理、税務対応、残余財産の扱いなど、普通法人以上に準備と段取りが重要です。

また、持分あり医療法人では相続と出資持分の整理が、持分なし医療法人では残余財産の帰属先が、大きな論点になります。

後継者不在や理事長の高齢化が見えてきたときは、解散だけでなく、承継や第三者譲渡も含めて早めに方向性を整理することが大切です。医療法人の出口戦略は、相続が起きてからではなく、相続が起きる前に考えることで、選択肢が広がります。

解散・清算は、手続きごとに相談先が分かれやすく、負担が大きくなりがちです。TOMAでは、医療法人の解散・清算のご相談をワンストップでお受けしており、これまでに支援してきた実績もございます。

行政書士や相続のスペシャリスト、登記対応を含めた総合的な支援が可能であり、複雑になりやすい手続きも、状況に応じて適切に整理しながら進められますので、まずはお気軽にご相談ください。