【医療機関向け】令和8年度税制改正大綱を解説します-後編

記事作成日2026/02/09

2025年12月19日に令和8年度税制改正大綱が発表されました。

前編では、診療所の設備更新や医業承継、再編など、今後の経営判断や資金計画に影響する論点を中心にご紹介しました。後編では、「賃上げ」「人的投資」「個人の資産形成」をテーマに解説してまいります。

医療機関においても、職員の待遇改善と個人の税負担軽減をどう両立するかは、今後より一層、経営・人材確保の両面で重要なテーマとなるでしょう。

なお、本記事は令和7年12月発表時点の大綱に即して執筆しております。今後の議論によって改正案が変更となる可能性がございますので、あらかじめご了承ください。

職員の給料や待遇改善に関する論点

賃上げ促進税制は、一定の要件を満たした場合に法人税（または所得税）から税額控除を受けられる制度です。
令和8年度改正では、これまでの流れを踏襲しつつ、制度の整理が進む見込みです。

① 大企業向け：令和８年度で廃止
② 中堅企業向け：より高い賃上げを促すよう要件強化を行い、令和９年度をもって廃止
③ 中小企業向け：令和８年度より教育訓練費の上乗せ措置が廃止となり、令和９年度以降の対応は未定

大企業向け

中堅企業向け

中小企業向け

物価上昇が継続していることを踏まえ、国民生活へ深刻な影響が及ばないよう長年据え置かれてきた一部の制度が見直されることになりました。支給方法や規程整備が不十分だと、課税扱いになるリスクもあるため、必要に応じて就業規則・給与規程の見直しも検討しましょう。

①自動車・自転車通勤者に対する非課税限度額引き上げ

② 職員への食事支給に関する非課税枠引上げ

所得税の年収の壁と言われる部分の改正になります。令和７年に160万円に引き上げられ、今回さらに178万円まで引き上げられます。

①個人の基礎控除額…年収665万円まで控除額一律104万円
②給与所得控除の最低保証額…年収220万円まで控除額一律74万円

※①は所得税のみ、②は所得税・住民税共通

【改正のイメージ図】

【給与所得控除】

職員からの問い合わせが増える

「手取りがいつ増える？」「年収の壁がどう変わる？」といった質問が想定されます。
ポイントは、所得税の基礎控除が増える＝課税所得が減る＝所得税（＋復興特別所得税）が下がりやすいこと、ただし住民税は別という点です。

パート・アルバイトの就業調整の再設計

「壁」の議論は複数（所得税・住民税・社会保険）ありますが、今回の改正は主に所得税側の非課税～低税負担領域の拡大に寄与します。一方で、社会保険の壁（106万円/130万円：等）とは別問題なので、シフト設計や雇用条件の説明では切り分けが必要です。

年末調整・給与システムの改修（令和8年末～令和9年）

令和8年分の年末調整で改正を反映することになります。給与システムを利用している医療機関の皆様は、システム改修の対応時期を確認しておくと安心です。

これまでの「ふるさと納税」は、寄附額－2千円のほぼ全額が所得税・住民税から控除される仕組みで、高所得者ほど控除額や寄附可能額が大きくなりやすい面がありました。

この点について「税負担の公平性」の観点から批判があり、令和8年度の税制改正で制度の見直しが行われます。目安として、給与収入1億円超の者が今回の改正の対象となってきます。

①超高所得者に対する優遇を制限するため、住民税の特例控除額に対して令和9年寄附分から、道府県民税・市町村民税の限度額合計が193万円へ

※M&Aや株式・不動産売却などにより、一時的に枠が増える場合に注意

②令和10年度以降の個人住民税について適用。改正の影響を受けるものは令和9年以降の寄附から限度額計算にご留意ください。

③自治体が活用できる財源確保のため、返礼品や事務手数料、送料、ポータルサイト手数料などの経費率が段階的に引き下げられる

①つみたて投資枠の対象年齢が18歳未満にも拡充
②旧制度であるジュニアNISAよりも使いやすくなる

ポイント：ジュニアNISA（旧制度）との比較