３６協定は、毎年決まった時期にいつも通りの内容で労働基準監督署へ「出しさえすればよい書類」ではありません。そこに何を定め、どう運用するかによって、社員の働き方も、会社の人材活用やコスト構造も大きく変わります。
例年と同じ内容で義務的かつ機械的に手続きするだけでは、大幅に経費を削減する機会や会社の労働環境を改善する契機をみすみす見逃すことになるかもしれません。
本記事では、450件以上の労務顧問契約の経験をもつＴＯＭＡの社会保険労務士が、３６協定の基本を整理したうえで、裁量労働制・変形労働時間制を活かした「攻めと守りの制度設計」について解説します。
目次
そもそも「３６協定」とは何か？―労働環境を可視化するために
３６協定は、法定労働時間（1日時間・週40時間）を超えて残業や休日労働に不可欠な労使協定です。単なる「残業許可」と捉えて機械的に作成するのではなく、労働実態を正確に把握し、適正な労働環境を模索することで、現時点での会社の労働環境の問題点を見つけることができます。
協定書と協定届の違い・厳格な有効期間
まずは３６協定届の基本的な書き方から押えていきましょう。まず重要なのが、３６協定は、労働者代表との合意に加え、労働基準監督署への届出が受理されて初めて効力を持つ点です。社内の合意文書として「協定書」を作成していても、「協定届」が受理されていなければ、たった1分の残業でも労働基準法違反となります。
一般的な３６協定の手続きにおいては、３６協定届が３６協定書を兼ねていることが通例です。また、３６協定の対象期間（有効期間）は「1年間」に限られます。起算日より1日でも遅れて提出すると、その期間は無効となり法違反のリスクが生じるため、更新時期は時間厳守で対応する必要があります。
記載すべき「限度時間」と「対象業務」
３６協定の協定届には、「どのような業務（対象業務）」で「何時間まで（延長時間）」残業が必要かを具体的に記載します。ここでは、原則となる限度時間と、特別な事情がある場合の例外（特別条項）の違いを正しく理解することが重要です。
※なお、労働基準法上の「管理監督者（部長、工場長等）」については、深夜手当を除き、労働時間、休憩、休日の規定が適用除外となるため、３６協定の時間外・休日労働規制は及びません。
※建設業、医師、自動車運転業務など一部の事業・業務については、別枠の規制が存在します。
・一般条項とは
一般条項とは、通常の業務範囲において時間外・休日労働を行う場合に適用される基本的な枠組みであり、労働基準法第36条3項に基づき、一定の限度時間の範囲内で労働させることができる制度です。
・特別条項とは
特別条項とは、通常予見できない大幅な業務量の増加など、臨時的な特別の事情がある場合に限り、一般条項の限度時間を超えて労働させることができる制度です。ただし無制限ではなく、以下のような厳格な上限規制が設けられています。
| 区分 | 限度時間（上限） | 備考 |
| 一般条項 | ・月45時間 ・年360時間 | 通常はこの範囲内に収める必要があります。 |
| 特別条項 | ・年720時間以内 ・月100時間未満（休日労働含む） ・2～6ヶ月平均80時間以内（休日労働含む） | ※臨時的な特別の事情がある場合に、年6回まで発動可能です。 （なお、特別条項を適用する場合、限度時間を超えて働く労働者の健康を確保するため、医師による面接指導などの「健康福祉確保措置」を定めることが義務付けられています。） |
記載の際には以下の点にも留意してください。
・対象業務：「事務全般」と曖昧にせず、「経理事務」「営業職」などに区分けして記載し、実態把握に繋げる。
・理由：なぜその残業が必要なのか（例：「決算業務のため」「顧客対応の集中」など）、業務の区分ごとに具体的な理由を明記する。
３６協定締結のプロセスと様式の選択
３６協定を適正に運用するためには、正しいプロセスを経ることが不可欠です。とくに社員への周知は法的義務のため、徹底する必要があります。
・過半数代表者の選出：
管理監督者以外の社員から、民主的な手続きで代表者を選出する。
・労使間の協議・合意：
残業の上限時間や理由について十分に話し合い、書面にて協定を結ぶ。
・協定届の作成：
一般条項のみ（様式第9号）か、特別条項付き（様式第9号の2）か、選択して使用する。
・労働基準監督署への届出：
使用者が所轄労基署へ届け出る（電子申請も可能）。
・社員への周知：
掲示や備え付け等により、協定内容を周知する。
３６協定を「法令対応」だけで終わらせないために
上限時間設定の考え方と安全配慮義務
「実際にそんなに残業はしないけれど、違反になると怖いから上限いっぱいで出しておこう」と考える経営者や事務担当者の方は多いと思います。しかし、法令の上限時間は、あくまで社員の健康管理上、許容される上限（過労死ライン等）に過ぎません。
任意の記載項目もあるため、すべてを埋める必要はありませんが、会社の社員に対する安全配慮義務を果たすためにも、業務ごとの労働実態を把握し、その実績に基づいた適切な上限値を記入することが、適正な労務管理の第一歩となります。
実態との乖離は直ちに是正が必要
逆に、協定上は「月45時間以内」としているのに、実際は恒常的に80時間を超えている部署があるケースは法律違反となります。労働基準監督署からの是正勧告の対象となるため、過少に報告することが無いようにご注意ください。
まずは業務の整理、その後に制度検討へ
３６協定の作成プロセスで、特定の部署や時期に残業が偏っていることが判明した場合、いきなり制度を変えるのではなく、まずは「なぜその残業が発生しているのか？」を分析することをご検討ください。
人員配置の見直しや業務フローの改善を行ってもなお、業務の繁閑や性質上、通常の労働時間制度では対応しきれない場合には、次章以降で解説する「裁量労働制」や「変形労働時間制」の導入を検討しましょう。
裁量労働制で「人を管理する」から「能力を活かす」へ
能力ある社員の裁量に任せて労働生産性を上げる
裁量労働制を導入する最大のメリットは、業務の遂行手段や時間配分を労働者の裁量に委ねることで、主体性と生産性の向上を期待できる点にあります。時間管理から成果管理への転換を促す制度であり、企業側・社員側それぞれに以下のようなメリットがあります。
【企業側のメリット】
・労働時間ではなく成果による評価体系へ移行しやすくなる
・生産性の高い社員に対し、時間にとらわれない適正な処遇ができる
・自律的な働き方を促すことで、業務効率化の意識向上につながる
【社員側のメリット】
・始業・終業時刻を自身の判断でコントロールでき、ワークライフバランスを保ちやすい
・業務の繁閑に合わせて、メリハリのある柔軟な働き方ができる
・「長く働くこと」ではなく「質の高いアウトプット」に集中できる
裁量労働制でも３６協定は必要（健康管理責任）
裁量労働制は「みなし労働時間」で計算するため、実際の労働時間と賃金計算は切り離されますが、３６協定の適用外になるわけではありません。休日労働や深夜労働には割増賃金が必要ですし、何より会社には「健康・福祉確保措置」が義務付けられています。
【具体的な健康・福祉確保措置の例】
・勤務間インターバル（休息期間）の確保
・一定時間を超えた場合の医師による面接指導
・心身の健康状態に関する相談窓口の設置
これらを怠ると、制度の適用自体が否認され、最大で過去3年に遡って残業代を請求されるリスクがあります。
導入できる職種と手続きフロー
裁量労働制には、研究開発やデザイナー等の「専門業務型（19業務）」と、事業運営の企画立案を行う「企画業務型」があります。それぞれ導入には厳格な手続きが必要です。
①専門業務型裁量労働制の導入フロー
専門業務型裁量労働制は、対象となる19業務（デザイナー、SE、建築士など）に限定して導入可能です。
- 対象業務と遂行手段の確認
本当にその業務が「使用者が具体的な指示をしない（裁量がある）」状態か確認します。 - 労使協定の締結（過半数代表者との合意）
以下の項目等を協定書に定めます。
・対象業務の内容
・みなし労働時間（例：1日9時間とみなす）
・健康・福祉確保措置の内容
・苦情処理措置の内容
・労働者の個別の同意を得ること（※不同意の社員に対する不利益扱いの禁止も含みます）
・同意の撤回に関する手続き - 労働者本人からの個別の同意取得・記録の保存
制度適用には、対象社員一人ひとりからの同意が必要です。同意しない社員には通常の労働時間制度を適用するなど、不利益な取り扱いにならない範囲で対応を検討します。 - 就業規則の改定等
始業・終業時刻の繰上げ・繰下げの規定や、みなし労働時間の規定などを整備します。 - 労働基準監督署へ届出
様式第13号を用いて協定届を提出します。
協定届にすべての項目を書ききれない場合は、「別紙協定書による」と記載し、協定書を添付します。
（出典／厚生労働省HP：専門業務型裁量労働制について）
②企画業務型裁量労働制の導入フロー
企画業務型裁量労働制は、本社機能の企画・立案・調査・分析を行う業務が対象です。専門業務型との大きな違いは、対象業務の限定が多少緩やかな一方、「労使委員会」の設置と決議、そして労使協定の締結が必要な点です。
- 労使委員会の設置
使用者代表と労働者代表（指名による）で構成される委員会を立ち上げます。 - 労使委員会の開催・決議（委員の4/5以上の賛成）
専門業務型のような「代表者との協定」ではなく、委員会での「決議」が必要です。決議には委員の5分の4以上の多数決による賛成が必須となります。
決議するべき事項の例は以下の通りです。
・対象業務の範囲やみなし労働時間
・健康福祉確保措置および苦情処理措置
・本人の同意および同意撤回の手続き など - 労働者本人からの個別の同意取得・記録の保存
- 就業規則の改定等
- 労働基準監督署へ届出
様式第13号の2（決議届）を提出します。 - 【重要】運用状況の定期報告
企画業務型の場合、導入後も初回は6ヶ月に1回、2回目以降は1年に1回、労働者の労働時間状況や健康確保措置の実施状況を労基署へ報告する義務があります。
（出典／厚生労働省HP：企画業務型裁量労働制について）
導入に伴うリスクとデメリット
裁量労働制には大きなメリットがある一方、正しく運用されない場合には以下のようなデメリットやリスクが生じます。
・「時間」という縛りがなくなるため、際限なく働いて過重労働となるリスク
・「任せた」という名目で、管理職が部下の状況を把握せずマネジメントが形骸化するリスク
・「残業代が出ないのに拘束される」等の誤った運用により従業員から不満が生じてしまうリスク
これらのリスクを回避するためには、制度設計だけでなく、評価制度の見直しや、現場管理職への教育（「時間を管理する」から「成果と健康を管理する」への意識変革）が不可欠です。
ＴＯＭＡでは就業規則の改定や協定届の作成はもちろんですが、制度導入の土台となる「賃金制度」「等級制度」「評価制度」といった人事制度全体の構築・導入から運用補助、社内研修まで、幅広く一貫したサポートを提供しています。
「成果に対して納得感のある給与を支払いたい」「管理職のマネジメント力を強化したい」といったご要望があれば、ぜひ無料相談にて貴社の現状をお聞かせください。
変形労働時間制が残業削減と現場運用を両立できる理由
繁忙期と閑散期のメリハリをつける
変形労働時間制とは、業務の繁閑に合わせて労働時間を柔軟に配分する制度です。「忙しい時期は長く働き、暇な時期は短く働く」ことで、月や年単位の総労働時間を変えずに、無駄な残業代（割増賃金）の発生を抑えることができます。
・1年単位の変形労働時間制
製造業や百貨店など、季節ごとの繁閑が明確な場合に有効です。
（例）繁忙期（10-12月）は週48時間、
閑散期（1-3月）は週32時間とし、年間平均で週40時間に収める。
・1ヶ月単位の変形労働時間制
医療・介護、月末月初が忙しい経理部などで有効です。1ヶ月の中でシフトを組み、特定の週が40時間を超えても、月平均で週40時間以内なら残業となりません。
※常時使用する労働者数10名未満の商業、映画・演劇業（映画の製作の事業を除く）、保健衛生業、接客娯楽業の場合は特例で週44時間以内となります）
・フレックスタイム制
始業・終業時刻を労働者の決定に委ねる制度です。社員にとっては「ワークライフバランスの向上」、会社にとっては「採用市場における訴求力の向上」「効率的な働き方の促進」というメリットがあります。
３６協定の記載方法と上限の違い
変形労働時間制を導入する場合、対象となる期間や制度の種類によって、３６協定で定めるべき残業時間の上限（限度基準）や、届出様式の書き方が異なります。
１.残業時間の上限規制（限度基準）の違い
通常の労働時間制と比較して、「1年単位の変形労働時間制（対象期間が3ヶ月を超えるもの）」を採用する場合は、以下の通り原則（月45時間・年360時間）よりも厳しい上限時間が適用されます。一方で、「1ヶ月単位の変形労働時間制」や「フレックスタイム制」については、上限時間は通常の労働時間制と同じ扱いであり、短縮はされません。
| 制度の区分 | 1日 | 1ヶ月 | 1年 |
| 通常・1ヶ月単位変形・フレックス | 協議による | 45時間 | 360時間 |
| 1年単位変形（対象期間3ヶ月超） | 協議による | 42時間 | 320時間 |
２.３６協定届の記載方法の違い
・1年単位の変形労働時間制の場合
上限時間が異なるため、３６協定届の様式において「1年単位の変形労働時間制により労働する労働者」というチェックボックスや専用の記載欄を使用し、区別して届出を行う必要があります。
・1ヶ月単位の変形労働時間制・フレックスタイム制の場合
上限時間が通常と同じであるため、特別な区分を選択する必要はなく、通常通りの様式・書き方で作成します。
３.変形労働時間制自体の届出義務について
３６協定とは別に、変形労働時間制そのものを導入・運用するために必要な手続き（労働基準監督署への届出等）は、採用する制度によって以下の通り異なります。
| 制度 | 就業規則等への規定 | 労使協定の締結・届出 |
| 1年単位の変形労働時間制 | 必要 | 締結・届出ともに必須 |
| 1ヶ月単位の変形労働時間制 | 必要 | 就業規則で定める場合は不要 （労使協定で定める場合は届出が必要） |
| フレックスタイム制 （清算期間1ヶ月以内） | 必要 | 締結は必須・届出は不要 |
| フレックスタイム制 （清算期間1ヶ月超）※上限3ヶ月 | 必要 | 締結・届出ともに必須 |
現場との摩擦を減らすポイント
制度導入にあたっては、管理の複雑化を防ぐため、原則としては「全社で一つの制度」を適用することが望ましいです。
しかし、例えば「工場部門は季節変動が大きいが、営業部門は顧客対応のため定時性が求められる」といったように、部署によって働き方の実態が大きく異なる場合もあります。
そのような場合には、「工場は1年単位変形」「営業はフレックス」といった制度の使い分けも検討します。
【重要】制度を分ける際の大前提
数多くのお客様と向き合ってきた経験上、制度の変更時には各所から不満や反対意見が出てくるものです。
特に部署ごとに異なる制度を導入する場合、「なぜあの部署だけ自由なのか（あるいは厳しいのか）」という不満の声が出てきますし、場合によっては思いもよらないトラブルが発生することもあるため、トラブルが発生することを念頭のうえ制度の変更を進めなければなりません。
大切なのは、社員が納得できるように説明を尽くすことです。「なぜ制度を分ける合理的な理由があるのか」を会社から丁寧に説明し、社員全員の理解と納得を得る努力を重ねることが必要不可欠です。
また、制度の導入が労働者にとって不利益な変更に当たる場合は、代替措置の導入も検討してもよいかもしれません。
一方で、労働者にとって有利な制度を導入する場合、後から制度を撤回することは不利益変更にあたり、原則として従業員個々への同意を取り付ける必要が生じます。
本当に会社にとって適切な制度であるか不安な場合には、導入当初は部署を限定して導入する等の対応も考えられます。
ＴＯＭＡでは、貴社の実態に合わせた制度設計はもちろん、導入時の社員説明会を開催し、現場の納得感を醸成するためのサポートも行っておりますので、制度導入にお悩みの場合は是非ご相談ください。
経営改善につなげる３６協定と労働時間制度の設計ポイント
【導入モデルケース】1年単位の変形労働時間制の効果
以下は、季節による繁閑差が大きい会社において、変形労働時間制を導入した場合のイメージです。
| 項目 | 【Before】固定時間制 | 【After】1年単位変形の導入 |
| 対象・設定 | 全期間：所定労働時間を8時間に設定 （全社員一律で「9時～18時」） | 繁忙期（7～9月）：所定労働時間を9時間に設定 閑散期（1～3月）：所定労働時間を7時間に設定 |
| 状況・結果 | 繁忙期：毎日残業が発生してコスト増 閑散期：定時まで手持ち無沙汰だが、決められた時間まで帰れないため、生産性が低下するおそれ | 繁忙期：定時時間内に収まり、残業代不要 閑散期：早い時間に帰ることができる |
| 期待できる効果 | 法に則った形での残業コストの適正化と適正な労働時間による生産性の向上、閑散期のプライベート時間の確保による社員満足度の向上 | |
制度選択の優先順位
「通常勤務」「裁量労働」「変形労働」のどれが正解ということはありません。重要なのは、貴社の事業サイクルや組織風土に合った制度を選ぶことです。私たちＴＯＭＡは、まず現状の「働き方の実態」をヒアリング・分析し、どのような制度の組み合わせが最適かをご提案致します。
人材定着とリスク管理の視点
３６協定や労働時間制度の見直しは、単なるコストカットではありません。労働時間を適切に管理し、無理のない労働環境を整備することは、優秀な人材の定着（リテンション）に直結します。
まずはこの「守り（労務管理）」を固めたうえで、ＴＯＭＡでは人事評価制度の設計など「攻め（人材活用）」の支援も可能です。法令順守と人材活用の両輪を回していくことが、会社の持続的な成長には不可欠です。
まとめ：３６協定で残業削減と人材活躍を両立するポイント
３６協定は、提出することが目的ではなく、労働時間を把握・管理する契機となる重要な資料です。
ここまで解説してきた通り、適切な労働時間制度（変形労働時間制や裁量労働制）と組み合わせることで、「無駄な残業コストの削減」と「社員のパフォーマンス最大化」を同時に実現する経営基盤となります。しかし、自社だけで最適な制度を設計し、運用し続けることは容易ではありません。
「今の３６協定が実態に合っているか不安だ」
「変形労働時間制を入れたいが、現場が混乱しないか心配だ」
「法改正に対応できているか、一度プロに見てもらいたい」
このようにお悩みであれば、まずはＴＯＭＡの「無料相談」をご利用ください。
私たちＴＯＭＡは、創業以来数多くの顧問契約・コンサルティング実績を持ち、「法律を守りながら、会社ごとの実情に合わせて運用する」ノウハウを蓄積しています。
単なる書類作成代行にとどまらず、人事部長様・経営者様のパートナーとして、就業規則の改定から日々の運用アドバイスまで、一貫してサポートいたします。
「リスクを放置せず、経営にプラスになる労務管理」へ。経験豊富な社労士が、貴社に最適な解決策をご提案します。
