2025年12月19日に自由民主党・日本維新の会から発表された「令和８年度税制改正大綱」では、医療分野に関する多くの税制改正が盛り込まれています。本記事では、医療機関や医療関係者に関連する改正内容をピックアップしてご紹介します。
目次
（医療法人が特定外国人から受け取る診療報酬に関する要件緩和）
「自費患者に対し請求する金額が、社会保険診療報酬と同一の基準により計算されること」の要件について、特定外国人患者に対する診療報酬については、社会保険診療報酬と同一の基準額の3倍以内かつ地域における標準的な料金を超えないものとする。
・社会医療法人制度 大綱P60、117
・医業継続に係る相続税・贈与税納税猶予制度 大綱P66
・特定医療法人の法人税率特例 大綱P105
（医業継続に係る相続税・贈与税納税猶予制度）大綱P66
適用期限を3年延長
（登録免許税）大綱P67
医療機関の開設者が再編計画に基づき不動産を取得した場合の所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率軽減措置の適用期限を２年延長
（不動産取得税）大綱P79
医療機関の開設者が、地域における医療及び介護の総合的な確保の促進に関する法律に規定する認定再編計画に基づく医療機関の再編に伴い取得した一定の不動産に係る不動産取得税の課税標準の特例措置の適用期限を2年延長する。
（社会医療法人等の固定資産税・都市計画税・不動産取得税）大綱P83、84
関係法令の改正を前提に、改正後の社会医療法人等について、現行制度と同様の非課税措置を講ずる。
（収益事業から除外される医療保健業の見直し）大綱P114
医師会法人等が「その医師会法人等の受ける診療報酬又は利用料の額が、健康保険法の規定等により算定される額以下であること」との要件について、関係法令の改正を前提に、特定外国人患者に対する診療報酬については、その診療報酬の額が、その算定される額の3倍以内かつ地域における標準的な料金を超えないものとして厚生労働大臣の証明を受けているのであることとする。
（事業所税）大綱P84
関係法令の改正を前提に、下記を引き続き非課税とする
・一定の農業協同組合連合会が行う収益事業以外の事業に係る事業所税
・社会医療法人が行う収益事業以外の事業に係る事業所税
（公益法人等の収益事業に係る課税）大綱P86
関係法令の改正を前提に、収益事業から除外される公的医療機関に該当する病院等を設置する農業協同組合連合会が行う医療保健業の要件のうち特別の療養環境に係る病床の病室差額料に係る要件における特別の療養環境に係る病床の病室差額料の平均額を1万円以下（現行：5,000円以下）に引き上げる。
（事業税）大綱P150
事業税における社会保険診療報酬に係る実質的非課税措置及び医療法人に対する軽減税率については、税負担の公平性を図る観点や、地域医療の確保を図る観点から、そのあり方について検討する。
※本ページは、「令和8年度税制改正大綱」に基づき、情報提供を目的として概要をまとめたものです。今後、国会に法案が提出・審議される予定であり、その結果、本資料の内容と異なる制度が成立する可能性がありますので、あらかじめご了承ください。
引用：自民党「令和8年度与党税制改正大綱」
