日本医師会では、平成29年8月に税制改正要望を全17項に取りまとめ、うち11項を重点項目として厚生労働省等の各方面に要望してきました。平成29年12月に税制改正大綱が決定され、日本医師会から主に以下の3項が採用されたことが発表されました。
◆採用された3項
（1）事業税非課税措置・軽減措置
（2）四段階制の存続
（3）たばこ税の税率引き上げ
（1）は、社会保険診療報酬に対する事業税非課税、医療法人の自由診療分の事業税の特別法人としての軽減税率に関する要望です。税負担の公平化を図る観点や、地域医療の確保を図る観点から検討課題とはされているものの、存続となりました。
（2）の四段階制とは、社会保険診療報酬の所得計算の特例措置、つまり概算経費の特例についてです。大綱に記載はないものの、存続となっています。
（3）のたばこ税は、平成30年10月1日から平成33年10月1日にかけて段階的に引き上げられるととともに、加熱式たばこの課税方式が見直されています。
◆医療機関の控除対象外消費税問題について
また、医療機関の控除対象外消費税問題について、平成29年度税制改正大綱の文面に追記・削除等が加えられ、引き続き検討事項とされています。
医療機関の控除対象外消費税問題とは、消費税が非課税である社会保険診療報酬に対して、医薬品の仕入や設備等には消費税がかかるため、控除できない仕入等の消費税が医療機関の負担となっている、という問題です。過去において診療報酬の上乗せ等により解決を図ってきたものの、抜本的解決には至っていません。
平成29年度税制改正大綱では、抜本的解決に向けての結論が出される期限を「消費税が10％に引き上げられるまでに」とされていましたが、平成30年度税制改正大綱ではこの一文が削除され、代わりに「平成31年度税制改正に際し税制上の抜本的な解決に向けて」とされ、抜本的解決への期限が明示されました。医療機関の控除対象外消費税問題は長い間議論されてきた問題であり、平成31年の「税制上の抜本的な解決」に向けて、その動向が注目されます。
